2020年12月18日，国际学术期刊Journal of Infection在线发表了我实验室完成的最新研究成果“Total infectomes of 162 SARS-CoV-2 cases using meta-transcriptomic sequencing”。山东第一医科大学周宏、李辞修和胡弢为文章共同第一作者，史卫峰教授为共同通讯作者，山东第一医科大学（山东省医学科学院）为第一完成单位。

2020年3月11日，世界卫生组织认定当前新冠肺炎疫情为‘全球大流行’，截至北京时间12月14日7时27分，全球新冠肺炎累计确诊病例超过7216万例，累计死亡病例超过161万例。尽管对新型冠状病毒的检测至关重要，但由于新冠病毒合并感染其他病原体可引起严重并发症（尤其是肺炎二次感染），合并感染现状亦需要引起重视。

该研究通过宏转录组分析山东省162例SARS-CoV-2感染者的病毒、细菌、真菌合并感染情况，发现50.62%（82/162）的新冠病例至少有一种额外的潜在病原体感染。其中42例合并感染1种病原体，包括单病毒合并感染（n=9）和单细菌合共感染（n=33）；剩余40例合并感染2种以上病原体，包括多种病毒合并感染（n=1），病毒和细菌合并感染（n=4），病毒、细菌和真菌合并感染（n=1）以及多种细菌合并感染（n=34）。另外，两种新血清型呼吸道病毒（人类鼻病毒C11和人类肠道病毒C105）感染首次出现在新冠病例中。同时，在3例新冠病例中发现了一种罕见于人的呼吸道微生物：猪鼻支原体。该研究进一步检测到7类抗生素的52种耐药基因，存在合并感染的82例新冠病例中，大部分包含对氨基糖苷类（66/82），内酰胺类（78/82），大环内脂类（74/82），四环素类抗生素（63/82）的耐药基因。

虽然该研究并没有得到较高的其他呼吸道病毒(如流感病毒)、支原体和真菌的合并感染率，但是SARS-CoV-2与包含多种耐药基因的细菌合并感染率比较高。目前尚不清楚SARS-CoV-2合并感染对疾病进展和严重程度是否存在潜在影响，但针对细菌感染的干预可能有利于COVID-19的临床治疗。

该研究得到山东省重点研发项目、我校学术提升计划和 “泰山学者”工程专项资助。

文章链接: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0163445320307659